Το 3ο Γυμνάσιο Αγίας Βαρβάρας ιδρύθηκε το έτος 1982 και λειτούργησε για πρώτη φορά το σχολικό έτος 1982-1983. Όταν ξεκίνησε συστεγαζόταν με το 1ο Λύκειο Αγίας Βαρβάρας στο ίδιο κτήριο όπου τώρα βρίσκεται το 1ο Λύκειο. Το ωράριο του σχολείου ήταν πρωί-απόγευμα. Μετά από δύο χρόνια περίπου μεταφέρθηκε στο σημερινό κτήριο επί της οδού Ραιδεστού 2, όπου και εκεί το σχολείο συστεγαζόταν με ένα δημοτικό σχολείο του Αιγάλεω και λειτούργησε σε πρωινή και απογευματινή βάρδια. Στη συνέχεια και μετά από τέσσερα περίπου χρόνια έγινε μεταφορά του σχολείου μας στην κάτω Αγία Βαρβάρα και επί της οδού Σίφνου και Κολοκυθά όπου συστεγάστηκε με το 4ο Δημοτικό σχολείο και λειτούργησε πάλι σε πρωινή και απογευματινή βάρδια. Το Σεπτέμβριο του 2004 έγινε και πάλι μετακόμιση του σχολείου μας στο σημερινό κτήριο όπου λειτουργούμε τώρα σε πρωινή μόνο βάρδια.

Στις 26 Μαΐου 1999 το σχολείο μας πραγματοποίησε εκδήλωση στο κινηματοθέατρο της περιοχής "Γιάννης Ρίτσος" προς τιμήν του μεγάλου συγγραφέα Αντώνη Σαμαράκη. Στην εκδήλωση -που επιμελήθηκαν οι εκπαιδευτικοί του σχολείου κ. Δαλακούρα Βερονίκη και η κ. Μαργέτη Αικατερίνη- ακούστηκαν αποσπάσματα από το έργο του συγγραφέα, τα οποία διάβασαν μαθητές και μαθήτριες της Γ' γυμνασίου. Ιδιαίτερη συγκίνηση επικράτησε στην αίθουσα με την εμφάνιση του ίδιου του συγγραφέα -γνωστού για την αγάπη για τα παιδιά- που ανταπέδωσε τα χειροκροτήματα των μαθητών και παρακολούθησε με προσοχή την εκδήλωση. Μίλησε με τα παιδιά, μοίρασε βιβλία του και φωτογραφήθηκε μαζί μας. Στο συγγραφέα που μίλησε για τα προβλήματα που αντιμετωπίζουν τα παιδιά στις μέρες μας απονεμήθηκε αναμνηστική πλακέτα.

Σημαντική χρονιά για το σχολείο μας υπήρξε το έτος 2006, όπου μετά από εκδήλωση με προσκεκλημένους σημαντικούς πολιτικούς και κοινωνικούς παράγοντες της χώρας μας και την κα Σαμαράκη, το σχολείο μετονομάστηκε σε 3ο Γυμνάσιο Αγ. Βαρβάρας «Αντώνης Σαμαράκης» (βλ. περί Ονοματοδοσίας του σχολείου).

Διευθυντές από την αρχή της ίδρυσης του σχολείου μας, μέχρι σήμερα χρημάτισαν οι: 1) Μπαρκούκης Παρασκευάς, 2) Λαγανά Ευφημία 3) Ζάρας Βασίλειος, 4) Γρηγοριάδου Βενετία, 5) Γούσια Μαρίνα, 6) Γιαννηγιώργης Παύλος, 7) Τσιλπιρίδης Δημήτριος, 8) Κανέλλος Πέτρος, 9) ο κ. Μαύρος Ιωάννης ο οποίος ασκεί τα καθήκοντα του Διευθυντή σήμερα.

Προτομή του Α. Σαμαράκη από τον γλύπτη Άγγελο Βλάσση / Λιθογραφία του Π. Τέτση, δωρεά της κ. Σαμαράκη στο σχολείο μας.